RNA-ligand complexes and the attenuation of neutral confinement in the evolution of RNA secondary structures
该研究通过建立 RNA-配体复合物模型发现，高亲和力结构在复合物中的隔离及其通过热涨落的补充机制，能够降低对结构稳定性的选择优势并促进遗传变异积累，从而帮助 RNA 分子在进化中避免陷入中性禁锢的困境。
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460 篇论文
Impacts of genome architecture on the repeatability of polygenic adaptation
该研究通过对比染色体数目不同的两种近缘桡足类在低盐度选择下的演化实验，揭示了基因组架构（特别是染色体数目）与基因间上位性相互作用共同决定了多基因适应的轨迹可重复性，其中高染色体数目结合强正向上位性有助于通过重组组装协同等位基因从而提升适应的平行性。
Super compensatory substitutions restore protein function and flatten fitness landscapes
该研究通过对 IGPD 蛋白的深度突变扫描分析，发现约三分之一的非功能性错义突变可通过溶剂暴露位点的额外突变恢复功能，并鉴定出一类能跨越多种遗传背景增强适应度、从而“平坦化”局部适应度景观的“超级补偿性突变”，揭示了其在维持蛋白质进化稳健性中的广泛作用。
Predation, evo-devo, and historical contingency: A nematode predator drives evolution of aggregative multicellularity
该研究表明，在包含细菌捕食者、线虫顶级捕食者和共同猎物的三物种食物网中，捕食压力驱动了粘细菌（*Myxococcus xanthus*）聚集性多细胞性的进化，且这一过程受到历史偶然性（如抗生素耐药性突变）的显著影响。
Human neurodevelopmental genes housed in massive, ancient gene deserts
该研究揭示了人类基因组中 21 个位于古老巨型基因荒漠内的“孤独基因”，它们主要编码细胞粘附分子，通过锚定核纤层形成独特的空间结构，这种结构虽在进化上保守，却因依赖特定染色质修饰因子进行调控而成为神经发育过程中的脆弱环节。
Assessing alternative methods of using population genomic data to measure changes in population size
该研究通过模拟评估了多种群体基因组统计量在检测疟疾媒介蚊子种群数量下降中的效能，发现塔吉玛 D 值（Tajima's D）具有高度敏感性和稳健性，并建议集群随机对照试验每处理组至少需包含 3 至 5 个村庄以获得足够的统计效力。
Generalists link peaks in the shifting adaptive landscape of Australia's dragon lizards
该研究通过整合基因组与形态学数据，揭示了澳大利亚龙蜥在抵达澳洲后，由泛化生境利用和中间形态特征所驱动的适应性辐射及多样化演化路径。
Using Maternally Inherited Haploid Tissue to Resolve Parental Alleles: Investigating Genomic Imprinting in Scots Pine (Pinus sylvestris)
该研究利用松科植物特有的母系单倍体组织（胚乳）有效区分了亲本等位基因，但并未在苏格兰松中发现基因组印迹现象，表明该印迹信号在松柏类植物中可能微弱或不存在。
Time series analysis in a maize landrace reveals rapid fixation of beneficial alleles
该研究通过对欧洲玉米地方品种进行三轮定向选择的时间序列分析，揭示了有益等位基因的快速固定过程，并证实了强选择压力下主要位点与多基因响应共同驱动了性状的快速改良。
Transcriptomes resolve phylogenetic relationships and reveal undescribed diversity in taildropper slugs (Genus Prophysaon)
该研究利用转录组数据解决了太平洋西北部尾断蛞蝓属（Prophysaon）的物种系统发育关系，揭示了基于形态的亚属分类存在错误并合并了相关分类单元，同时发现了新的表型多样性并提示杂交在演化中发挥了作用。
Sight-line hypothesis explains facial color patterns in terns and allies
该研究通过宏进化分析首次证实了“视线假说”，表明燕鸥及其近亲中面部眼线的存在及其角度与需要精准瞄准的觅食行为（如俯冲捕食和掠水捕食）存在显著的进化关联，从而支持了眼线通过增强视觉敏锐度而受自然选择驱动的观点。
Uniform annotation framework reveals genome size and LINE/LTR retrotransposons as predictors of gene family expansion across Coleoptera
该研究通过构建统一的注释框架，揭示了甲虫基因组大小及 LINE/LTR 反转录转座子等重复元件的丰度是驱动基因家族（如化学感知和解毒相关基因）扩张的关键预测因子。
Spatiotemporal patterns of genetic diversity in the world's coral reefs
该研究通过分析全球 18 种珊瑚礁生物在 1998 至 2018 年间的基因组数据，揭示了部分海域内遗传多样性呈下降趋势，并指出氧气减少、硝酸盐增加和水温上升等环境因子是预测遗传多样性丧失的关键指标，从而为利用地球观测技术建立早期预警系统提供了科学依据。
Evolutionary dynamics of temporal niche among tetrapods
该研究基于近两万种四足动物的数据，首次系统分析了时间生态位的演化动态，发现四足动物在 K-Pg 大灭绝后主要向昼行性转变，且两栖类比羊膜动物在时间生态位演化上更为迅速灵活，表明昼夜时间维度与地理维度在驱动生物多样性辐射中既独立又相互交织。
Beyond gene length: Exon-intron architecture and isoform potential in the evolution of eukaryotic complexity
该研究基于 2,683 个基因组分析发现，尽管平均蛋白长度在真核生物进化早期即趋于饱和，但外显子数量在基因长度增加的基础上持续上升并随后在每基因约 10 个外显子处达到饱和，揭示了外显子 - 内含子架构是衡量真核生物基因组复杂性的关键新维度。
On repeatability and directionality of collateral effects of drug resistance evolution
本文提出一个整合药代动力学与群体遗传学的框架，通过最小化示例阐释了药物耐药性进化中伴随效应（如交叉耐药与伴随敏感性）的非重复性和单向性模式，并揭示了药物浓度与选择策略对这些模式及其动态演变的关键影响。
Triangular Invariant Sets for Containment of Drug Resistance Under Evolutionary Therapy
本文提出了一种基于正三角不变集的框架，用于在进化疗法中通过周期性切换治疗策略来抑制耐药性，并推导了系统存在不变区域的条件以及突变对治疗维持能力的鲁棒性阈值。
Plasticity in nonsense-mediated decay and translation initiation regulate polyphenism
该研究通过对*Pristionchus pacificus*线虫长达 11 年的野外调查及分子机制解析，揭示了无义介导的 mRNA 降解可塑性与翻译起始中替代起始密码子的选择共同调控 EUD-1 蛋白异构体，从而决定了口器形态多型性的自然变异及其进化机制。
Elevated recessive lethal frequencies drive hatching failure following near extinction in 'Alala, the Hawaiian crow
该研究通过构建夏威夷乌鸦（'Alalā）的染色体水平参考基因组并分析 175 个个体的重测序数据，发现尽管该物种经历了严重瓶颈效应，但其高孵化失败率主要归因于两个高频隐性致死单倍型的累积，而非长片段纯合度（ROH）的普遍影响，揭示了种群瓶颈可能导致隐性致死等位基因频率升高并长期滞留的机制。
Cambrian Artiopoda Reveals a Constraint in Euarthropod Brain Evolution
该研究通过重建寒武纪节肢动物 Xandarella spectaculum 的化石神经痕迹，揭示了其独特的脑部构造，表明 Artiopoda 类群在早期演化中对 euarthropod 脑部原始模式进行了类群特异性的修饰。