📄 进化生物学
Predicting barrier architecture and the genomic landscape of differentiation under polygenic divergent selection
本文开发并验证了一个基于有效迁移率的新型分析框架，用于预测多基因趋异选择如何塑造大陆-岛屿模型中的基因组分化模式与生殖隔离模式，从而为推断基因流障碍的遗传结构提供改进的工具。
📄 Category
evolutionary biology
409 篇论文
进化生物学探索生命如何随时间变化与适应，揭示从微小基因变异到复杂物种形成的奇妙旅程。在这里，我们关注生命之树的生长脉络，解读自然选择如何塑造地球上纷繁多样的生物形态。
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下方为您呈现近期在进化生物学领域发布的最新研究论文。
📄 进化生物学
Forecasting viral evolution from phylogenetic trees
该论文介绍了 antiGen，这是一种利用系统发育树来准确预测包括 SARS-CoV-2、流感和登革热在内的多种病原体未来病毒突变的机器学习模型，从而增强大流行准备工作并促进治疗药物的开发。
📄 进化生物学
Assessing the robustness of SNaQ to violations induced by high-level phylogenetic networks
本研究评估了 SNaQ 在非 1 级系统发育网络上的表现，结果表明，尽管它无法恢复重叠网状结构的精确拓扑结构，但它能可靠地推断出循环分类单元顺序和相容的“点丛树”（tree-of-blobs）结构，从而有效地充当一种保守的正则化器，优先考虑强烈的网状信号而非复杂的重叠进化历史。
📄 进化生物学
A large-scale evaluation of tree shape indices reveals potential pitfalls
本研究通过使用新的 Python 库“treeshapy”对超过 4500 万棵经验树中的 54 种系统发育树形状指数进行大规模评估，揭示了诸如根敏感性、规模依赖性和指数冗余性等关键陷阱，旨在为未来更谨慎且有效的树形状分析提供指导。
📄 进化生物学
Ancestral Sequences Cannot be Accurately Reconstructed via Interpolation in a Variational Autoencoder's Latent Space
本研究表明，尽管变分自编码器具有建模上位效应相互作用的潜力，但其解码过程中固有的信息丢失使其无法准确重建祖先序列，因为它们始终被标准的基于似然法和简约法的方法所超越。
📄 进化生物学
Synchronizing speciation, extinction, and dispersal to island paleodynamics through Bayesian phylogenetics in a Hawaiian plant radiation
作者们介绍了 TimeFIG，这是一个整合了遗传、分布范围和古地理数据的贝叶斯系统发育框架，用于在无需化石的情况下同时推断分歧时间、祖先分布范围和多样化速率，并揭示了岛屿隔离与年龄如何驱动夏威夷 *Kadua* 辐射演化的动态过程。
📄 进化生物学
Loss of replication and transcription systems accompanying transition to nucleus-dependent replication in Ariadnavirales, a proposed new order in nucleocytoviricot class Megaviricetes
本研究基于对 Sicyoidochytrium minutum DNA 病毒及其相关序列的发现，提议在巨噬病毒纲（Megaviricetes）中建立一个新的病毒目——Ariadnavirales，这些序列因丢失了自身的复制和转录机制，展现出向依赖宿主细胞核进行复制和转录的独特进化转变。
📄 进化生物学
Utilising nuclear encoded plastid DNA to identify donors of grass-to-grass lateral gene transfer
本研究表明，核编码质体DNA（NUPTs）可以有效地识别禾本科植物间横向基因转移的特定供体物种，揭示了细茎莠草（*Eermochloa attenuata*）将一个同时包含此前已知的横向基因转移（LGT）和新发现的核编码质体DNA（NUPT）的DNA片段共同转移到了半生异种草（*Alloteropsis semialata*）中。
📄 进化生物学
The evolution of family reputation extends indirect reciprocity
本文证明了基于家族的声誉演化在亲缘选择与间接互惠之间创造了一个正反馈循环，从而扩大了合作得以维持的条件，尤其是在互动频率较低或个体行为难以被观察到的情况下。
📄 进化生物学
Resolution of multi-receiver trade-offs in wall lizard colouration
这项研究表明，卢西塔尼亚壁蜥通过依赖距离的色彩图案可感知性来解决同种内交流与规避捕食者之间的权衡，这种策略在雌性和较小个体中得以维持，但被较大的雄性个体所牺牲，以优先考虑种内信号传递。